A IDENTITAS
Hari/Tanggal : Senin /16 Juli 2012
Waktu :
09.00-12.00
B KEGIATAN
Introduction
of protein crystallography
C RINGKASAN KEGIATAN
Struktur protein tiga dimensi penting untuk diketahui sebab
dapat merepresentasikan aktivitas, fungsi, stabilitas, maupun paramater
fisika-kimia lainnya. 4 metode untuk mengetahui struktur protein antara lain:
X-ray crystallography, NMR, dan electron microscopy. Metode penentuan struktur
tiga dimensi protein yang luas digunakan saat ini adalah kristalografi sinar-X
(X-ray crystallography). Kristalografi sinar-X menggunakan pancaran
sinar-X yang ditembakkan mengenai suatu protein yang telah dimurnikan atau
memiliki kemurnian tinggi sehingga berbentuk kristal. Pancaran gelombang
sinar-X yang mengenai struktur kristal protein kemudian akan terhambur. Hamburan
sinar-X yang muncul kemudian dibaca dan struktur kristal protein dapat
diketahui.
Keuntungan menggunakan X-ray cristallography adalah tidak ada
batas ukuran protein yang ingin diketahui strukturnya. Namun terdapat kendala
yang dihadapi saat ini adalah performa dari instrumen itu sendiri dimana
resolusi gelombangnya masih rendah sehingga struktur protein tidak dapat
ditentukan secara pasti. Tim riset dari SLAC National Accelarator Laboratory
dari Departemen Energi Amerika Serikat telah mengembangkan metode kristalografi
sinar-X terbaru yang menggunakan laser sinar-X beresolusi ultra-tinggi (ultra-high
resolution) yang mereka sebut SLAC Linac Coherent Light Source
(LCLS). Instrumen ini termasuk ke dalam jenis Coherent X-ray Imaging
(CXI).
Metode ini dikembangkan dari kristalografi sinar-X
konvensional dimana perbedaannya terletak pada pulsa sinar-X yang digunakan.
LCLS menggunakan kristalografi femtosekon (10-15 s) dan pencitraan split-second
laser sinar-X dengan panjang gelombang yang sangat pendek dan
berintensitas tinggi. Teknik ini membuat para ilmuwan dapat meneliti struktur
protein dengan ukuran yang lebih kecil namun memiliki resolusi tinggi. LCLS
juga dapat digunakan untuk studi dinamika molekuler protein yang diamati.
Ada 2 cara untuk mendapatkan X-ray
cristallography yaitu rotating anode generator dan synchrotron. Langkah-langkah
dalam protein crystallography:
1.
Purifikasi protein
2.
Pembentukan kristal protein
3.
Difraksi data dengan X-ray crystallography
4.
Elektron density dan struktur protein.
Dewasa ini
kemajuan teknologi semakin pesat, terdapat web site yang memiliki bank gen
sekalilgus bank struktur protein. Pada saat elektron density dari suatu protein
telah diketahui, maka datanya bisa dimasukkan ke dalam komputer untuk
mengetahui stuktur proteinnya. Web site tersebut seperti NCBI, atau program
QUANTA dari MSI
Tidak ada komentar:
Posting Komentar